امام خمینی قدس سره الشریف:

مـا بـایـد سـعـى کـنـیـم تـا حـصـارهـاى جـهـل و خـرافـه را شـکـسـتـه، تـا بـه سـرچـشمه زلال اسلام ناب محمدی (صلی‌الله علیه و آله و سلم) برسیم و امروز، غریب‌ترین چیزها در دنیا، همین اسلام است و نجات آن قربانى مى‌خواهد. دعا کنید من نیز یکى از قربانى‌هاى آن گردم.

صحیفه امام، ج‏۲۱، ص ۱۶۰

مقام معظم رهبری امام خامنه‌ای(حفظه‌ا…تعالی):

معارف اسلامی فقط برای ذهنیات نیست. ما توحید اسلامی را فقط به این دلیل قبول نمی‌کنیم که یک واقعیتی است که خدا وجود دارد و یکی است و دو تا ندارد و ما در ذهنمان باید این را قبول داشته باشیم. مسئله توحید فقط این نیست. توحید اسلامی، شخصیت فردی ما را می‏سازد؛ روح‌ها و دل‌ها را شکل می‌دهد؛ عمل‌ها را معین می‌کند؛ ارتباطات بین بشری را ترسیم می‌کند؛ قالب کلی جامعه و کیفیت اداره‏ جامعه‏‌ها را معین می‌کند.

دیدار مقام معظم رهبری با شورای سیاست‌گذاری مبانی اندیشه‌ی اسلامی – ۱۳۷۵/۰۶/۲۰

تحولات عصر حاضر نظیر اختراع تلگراف، گسترش وسایل حمل‌ونقل مدرن، تحول در صنعت چاپ و … همگی منجر به توسعه روابط و تعاملات در عرصه جهانی گردید. هم‌زمانی این اتفاقات با تحولات بزرگ فکری و فرهنگی در شرق و غرب و انگیزه‌های قوی آن‌ها برای استعمار و تحت سلطه درآوردن جهان، منجر به انواع برنامه‌ها برای القای مکاتب فکری غیردینی و ضد دینی گردید. این اتفاقات با پیروزی انقلاب اسلامی ایران، ما را به نقطه اوج تقابل مکاتب فکری شرق و غرب با اندیشه اسلامی رساند.

در این نزاع گسترده و اوج‌گیرنده حق و باطل و بهره‌مندی باطل مهاجم از انواع ابزارهای مادی نظیر هنر، رسانه، زرق‌وبرق فریبنده ظاهری و … انصافاً عالمان شیعی خوش درخشیدند و با مقاومتی جانانه ایسم های رنگارنگ را پس زدند! و نشان دادند اسلام مکتبی جامع و مهیمن برای ساماندهی زندگی بشر است. اندیشمندانی چون امام خمینی (ره)، علامه طباطبایی، شهید مطهری، رهبر معظم انقلاب، علامه مصباح یزدی، علامه جوادی، شهید صدر، علامه جعفری قهرمانانی هستند که تولیدات فکری آن‌ها باید همچنان به دست طلاب و روحانیون ترویج گردد و مرزبانی عالمان دینی و صیانت آن‌ها از ایتام آل محمد (ص) متجلی و تثبیت شود. ضمن آنکه قهرمانانی جدید با پیروی راه و رسم آن‌ها برای قله این نزاع که نیاز مبرم عصر ماست؛ متولد گردند.

با این وصف متأسفانه برنامه رسمی حوزه علمیه؛ آرایش چندان متناسبی با این صحنه ندارد و از کوتاه شدن دوره تحصیل تا نوع چینش برنامه‌ها و اصلی و فرعی کردن آن‌ها، سبب شده که گاهی طلاب بی‌بهره از این اندیشمندان و فاقد شناخت معرفت ناب دینی، خود در معرض آسیب فکری قرار گیرند و کار تا بدان‌جا پیش رفته است که تفوه به بحران هویتی طلاب، در بین مسئولان حوزوی امری رایج گردیده است.

ازاین‌رو مدیران و مسئولان حوزه‌های علمیه موظف‌اند با نهایت اهتمام به برنامه‌های معرفتی ابتدا به صیانت از طلاب پرداخته و در گام بعدی آن‌ها را مهیای صیانت از جامعه مؤمنان سازند که بدون مجهز شدن به اندیشه ناب دینی، باقی آموزش‌های حوزه نیز راه به‌جایی نخواهد برد.

مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خصوصاً با عنایات حضرت آیت‌الله اعرافی و اهتمام وافر معاونت تهذیب، به چاره‌اندیشی در این خصوص پرداخته و همراهی شورای عالی حوزه‌های علمیه با این دغدغه به تأسیس دبیرخانه امور معرفتی ذیل معاونت تهذیب منجر گردید.

ازآنجاکه در حال حاضر به دلایل مختلف برنامه‌های معرفتی این دبیرخانه فوق‌برنامه بوده و در برنامه رسمی آموزشی مدارس مندرج نگردیده است، باید ساختاری در مدارس علمیه به امر تقویت انگیزه‌های طلاب و پیگیری برنامه‌های معرفتی بپردازد. ازاین‌رو بازوی اجرائی دبیرخانه در مدارس نمایندگان دارالمعارف با محوریت معاونین تهذیب می باشند

در حال حاضر اهم طرح ها و دوره های فعال دبیرخانه امور معرفتی ؛ طرح ولایت،دوره نظام جامع اندیشه اسلامی،سیر مطالعاتی اثار و اندیشه های مقام معظم رهبری با عنوان طرح مطالعاتی از توحید تا تمدن،شهید مطهری ره، علامه مصباح ره می باشد.