اداره مطالعات و برنامه‌ریزی به حسب نیازهای گوناگون، اقدام به تدوین نظام موضوعات پژوهشی اخلاق و معنویت، تهذیب و تربیت نموده است، برخی از این موارد عبارت‌اند از :
- نظام موضوعات پژوهشی جهت پایان نامه‌های اخلاقی، معنوی، تربیتی: این موضوعات مورد تصویب معاونت آموزش قرار گرفته و در اختیار طلاب قرار گرفته است.
- نظام موضوعات پژوهشی مورد نیاز معاونت تهذیب و تربیت (بنیادین و راهبردی): این موضوعات به دبیرخانه حمایت از پژوهش‌ها ارائه گشته و در حال انجام است.
- نظام موضوعات پژوهشی اخلاق و تربیت جهت ارائه به مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی (بنا بر درخواست ایشان).
- نظام موضوعات پژوهشی اخلاق و تربیت جهت ارائه به دفتر تبلیغات اسلامی، حوزه علمیه خواهران، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه و سایر نهادهای مرتبط (بنا بر درخواست ایشان).
- نظام موضوعات پژوهشی جهت ارائه به پژوهشگران و نخبگان عرصه اخلاق و تربیت: حدود ۵۰ موضوع مشخص شده است که در ادامه لیستی از این موضوعات ارائه می‌گردد:
- نظام اندیشه اسلام شناسان
- چرایی و چیستی نظام اندیشه
- فلسفه اسلام‌شناسی
- روش تحقیق شناخت نظام واره اسلام
- چیستی تربیت انقلابی و بیان مولفه های آن
- نقش گرایش‌های انسان در تربیت انقلابی و چگونگی استفاده از آن
- نقش ساختارها و نهادهای اجتماعی در تربیت انقلابی
- نقش رفتار و کنش انسان در تربیت انقلابی و چگونگی استفاده از آن
- مدرسه علمیه مطلوب
- نظام صنفی حوزه و طلبه
- هویت طلبگی و بحران هویت
- رسالت اجتماعی حوزه و طلبه
- درآمدی بر مشاوره اسلامی
- هندسه معرفتی طلبه عصر انقلاب
- مکتب و اندیشه تربیتی امامین انقلاب
- ارزیابی اخلاقی، معنوی و تربیتی
- دوره پیش‌حوزوی
- هیئت تراز انقلاب و رویکرد تربیتی آن
- حوزه و اخلاق و معنویت در بیانیه گام دوم انقلاب
- نظام اندیشه آیت الله خامنه ای
- حوزه تمدن ساز از نگاه رهبر معظم انقلاب
- نظام اندیشه امام خمینی ره
- راهبردها و راهکارهای مردمی سازی تهذیب و تربیت
- تجربیات و ایده های نو (راهبردها و راهکارهای تربیتی)
- طبقه‌بندی و اولویت گذاری در نظام مفاهیم تهذیب و تربیت
- بایسته‌ها و الزامات تهذیب و تربیت در ساختار، سیستم مدیریت، رویکردها و فرآیندهای سازمانی
- مسئولیت اجتماعی حوزه و طلبه
- تاریخ حوزه و روحانیت
- راهکارهای انس با امام زمان علیه السلام
- جهاد اقتصادی در سیره علما و بزرگان
- نیم نگاهی به سبک زندگی علما
- الگوی اهتمام جمعی
- معادله الزام و اختیار
- حوزه در عصر معصومان
- شرح حال عالمان نقش آفرین تاریخ حوزه
- اداره اراده‌ها ؛ سازکار انسان‌سازی
- تمدن اسلامی در مکتب امام و رهبری
- آسیب شناسی خانواده(در مرکز مشاوره)
- بایسته های اخلاقی و تربیتی حضور در فضای مجازی(زیست بوم طلاب درفضای مجازی)
- نظریه جامع تربیتی ؛ تربیت ولایی
- جریان‌شناسی مکاتب و روش‌های تربیتی
- جریان‌شناسی نهادها، اشخاص و محصولات تهذیبی و تربیتی
- فقه المشاوره
- سیرهای مطالعاتی
- کاربست قرآن در تربیت
- گروه‌‌های جهادی تهذیب و تربیت
- تحول دروس اخلاق
