در تعریف مأموریت، مبانی دینی و ارزش‌های اسلامی نظیر رهنمودهای رهبران جامعه اسلامی، سخنان بزرگان دین و علمای برجسته و نیز اسناد بالادستی مورد وفاق، مورد توجه و بررسی قرار گرفته و با جامع‌نگری نسبت به همه آنها با روش «وحدت مشترکات» به گزاره محوری ناظر به فعل، تکلیف و عملکرد اصلی می‌رسیم. بر این اساس، مأموریت حوزه‌های علمیه در رابطه با تهذیب و تربیت عبارت است از:
«تعالی و ارتقای فضا و فرایند تهذیبی و تربیتی بصورت جامع و متوازن در همه ساحات در حوزه‌های علمیه و محیط‌های مرتبط با طلاب و روحانیون»،
توضیحات :
- تعالی و ارتقا ؛ حکایت از این دارد که از ابتدای تأسیس حوزه‌های علمیه، به فضا و فرایند‌های تهذیب و تربیت توجه بوده است لکن لازم است مستمراً نسبت به تعالی و ارتقای آن کوشید.
- فضای تهذیب و تربیت؛ حکایت از ضرورت توجه به ساختارها و مناسبات و روابط و شرایط محیطی و حتی شاکله عینی و مکانی و معماری به عنوان عوامل مؤثر در تهذیب و تربیت دارد.
- فرایند تهذیب و تربیت؛ تهذیب و تربیت یک حرکت مستمر است که بدون توجه به مراحل تربیت، منازل و مراتب و مدارج رشد و پیوستگی آنها، بصورت دقیق قابل تبیین و تحقق نیست. از مهم‌ترین ویژگی‌های تهذیب و تربیت، مقطعی نبودن بلکه پیوسته و ادامه‌دار بودن (ارتباط زمانی)، متشتت و منفک نبودن اجزاء و اقدامات تربیتی بلکه متصل و مرتبط و همگرا بودن (ارتباط عرضی)، تحت برنامه و نظارت و کنترل بودن توسط مربی (ارتباط طولی) و … می‌باشد که ذیل اصطلاح «فرایند» تربیتی یا حلقات تربیتی قابل پی‌گیری هستند. جامعیت و توازن در همه ساحات تربیت، نیز گویای پرداختن به همه ابعاد و ساحات تربیت بصورت جامع و متوازن است که در کل گستره حیات طلبگی جاری و فراگیر می‌شود.
- حوزه‌های علمیه؛ محیط و مخاطب اصلی معاونت تهذیب و تربیت است و البته منحصر در آن نیست، چراکه هیچ محیطی منتزع و منقطع از محیط پیرامونی و دیگر محیط‌ها نیست و بخاطر روابط و مناسبات مختلف خصوصاً در عصر ارتباطات، نمی‌توان اقدامات تربیتی را محدود به محیط یا فضای خاصی بدون لحاظ تأثیر و تأثر آن محیط از دیگر فضاها و محیط‌ها تصور نمود و در صورت ملاحظه تأثیر و تأثر محیط‌ها بر یکدیگر، نسبت به تأثیرات محیط‌های دیگر نمی‌توان منفعل بود و لازم است در موضع فعال، دامنه اقدامات تربیتی پیش‌گیرانه و مصونیت‌ساز را به محیط‌های پیرامونی گسترش داد.
- محیط‌های مرتبط با طلاب و روحانیون؛ غیر از فضای داخلی حوزه‌های علمیه که عبارت‌اند از مدارس علمیه، مراکز تخصصی، مدارس سطوح عالی، مؤسسات علمی، پژوهش‌گاه‌ها و دیگر مراکز علمی و آموزشی، محیط‌هایی نظیر مجتمع‌های مسکونی، مجتمع‌های اردویی، محیط‌های کارورزی و مشاغل طلاب و روحانیون و … نیازمند برنامه‌ریزی و رسیدگی‌های تهذیبی و تربیتی هستند.
مأموریت فوق الذکر دارای پنج بخش مفهومی است که می‌توان برای هر بخش ما به ازایی از موضوعات مورد نیاز تهذیب و تربیت و نیز ساختار متناسب با آن را بدست آورد:
موضوع مشاوره در عرض همه موارد فوق الذکر قابل تعریف است و نقش‌آفرینی مورد انتظار در قالب اداره مشاوره تعریف می‌شود.
